Výber paliva súvisí s prísunom energie do kotla, ktorú treba mať vybudovanú ešte pred inštalovaním kotla. V súčasnosti slovenský trh ponúka niekoľko druhov paliva. Najrozšírenejším druhom u nás sú plynné palivá – zemný plyn, propán-bután a bioplyn.Kvapalné palivá ako ľahký vykurovací olej, nafta sa používajú zriedka, preto ich v tomto porovnávaní vynecháme.
Zemný plyn predstavuje čistý, spoľahlivý a pružný zdroj energie. Využíva sa preto vo väčšine domácností. Na jeho prívod stačí mať vybudovanú prípojku z verejného plynovodu a príslušnú plynoinštaláciu. Propán-bután sa využíva predovšetkým v samostatne stojacich budovách, ku ktorým nie je možné vybudovať plynovú prípojku. Vykurovanie propán-butánom je relatívne drahé a jeho uskladnenie si vyžaduje dodržiavanie bezpečnostných zásad, nakoľko sa skladuje v blízkosti budovy v nadzemných alebo podzemných nádržiach. Bioplyn je alternatívne palivo, používa sa zriedkavo, hlavne v objektoch priemyselného charakteru.
Tuhé palivá, ako sú koks, hnedé a čierne uhlie a palivové drevo. Relatívnou nevýhodou tuhých palív je potreba dostatočného miesta na ich skladovanie. Kotly na tuhé palivo sa používajú najmä v miestach, kde nie je zavedený plynovod a neexistuje dostatočne dimenzovaná elektrická sieť na vykurovanie. V súčasnosti sa ale zvyšuje aj využitie upravenej biomasy, najmä v podobe drevených brikiet, peliet či odpadových štiepok. Jej podstatnou výhodou oproti iným tuhým palivám a čiastočne aj v porovnaní s plynom je ekologickosť, nakoľko ide o obnoviteľný zdroj energie.
Elektrická energia. Prednosťou elektrických kotlov je možnosť jednoduchej a priamej premeny elektriny na teplo, vysoký komfort prevádzky a ochrana životného prostredia. Elektrokotly neprodukujú žiadne emisie, a preto sa neznižuje kvalita ovzdušia. Takýto spôsob vykurovania síce patrí k najčistejším, veľmi komfortným, jednoduchým a pružným, ale najdrahším. Kúrenie je asi o 20 % drahšie než plynom a asi o 40 % drahšie než uhlím.(čo už nemusí platiť pri sadzbe D5)